Aquest nivell d'interoperabilitat té per objectiu definir l'estructura i el format de la informació a intercanviar. D'aquesta manera, la interoperabilitat funcional o sintàctica es refereix a l'estructura de la comunicació, i pot entendre's com l'equivalent a les regles d'ortografia i gramàtica en el llenguatge oral i escrit.

Organismes com NEMA o HL7 proporcionen un marc complet d'estàndards relacionats amb l'intercanvi, la integració i la recuperació d'informació electrònica de salut que suporta la pràctica i la gestió clínica. A més, iniciatives internacionals com PCHAlliance o IHE tenen la finalitat de promoure l'ús coordinat dels estàndards establerts, com HL7 V2.x, HL7 CDA R2 o HL7 FHIR d'HL7 International o DICOM de NEMA, en un conjunt d'especificacions que formen diferents Marcs Tècnics.

Els entorns d'integració són eines que faciliten l'aplicació dels estàndards en els centres assistencials, ja que permeten gestionar la integració entre els dispositius mèdics i els sistemes d'informació, així com garantir la interoperabilitat entre centres que desitgin intercanviar informació mèdica.

Exemples d'entorns d'integració són Mirth Connect (de NextGen) o la plataforma Ensemble (d'InterSystems).