És el vocabulari que s'utilitza per relacionar altres vocabularis controlats entre sí i poder comparar informació. Gràcies a l'ús dels vocabularis de referència, aquesta comparació es pot realitzar encara que les dades estiguin codificades utilitzant diferents estàndards i/o que procedeixin de diversos centres. L'aplicació d'aquest tipus de vocabulari és el que realment permet assolir la interoperabilitat semàntica, i pot no ser utilitzat directament pels professionals.

El vocabulari de referència es el vocabulari controlat que presenta un major nivell de detall i conté elements connectats entre sí a través de relacions de varis tipus (no només jeràrquiques). Aquesta característica el fa útil per a ser utilitzat els sistemes experts o de suport a la presa de decisions.

En un mateix sistema d'informació, el vocabulari d'interfície i el de referència poden coincidir.