Conformen xarxes semàntiques de conceptes relacionats a través de diferents tipus de relacions. Els seus elements tenen varis atributs, incloent més d'una descripció. Normalment permeten representar conceptes d'un sol domini i presenten un alt nivell d'abstracció. El seu objectiu és modelar la informació a alt nivell per a la seva interpretació automàtica en els sistemes d'informació. Sovint els elements de les ontologies s'identifiquen utilitzant conceptes de terminologies. Poden ser tant locals com internacionals. El seu ús aconsellat és com a vocabularis de referència.

Exemples d'ontologies son GO (ontología genÈtica), FMA (per a anatomia) i VO (per a vacunes).