Contienen términos relacionados entre sí a través de diferentes tipos de relaciones, no sólo jerárquicas. Sus elementos pueden tener más de una descripción y otros atributos. Presentan un gran nivel de detalle, son granulares y pueden presentar jerarquía múltiple (los conceptos pueden tener varios hijos y también varios padres). Su objetivo es representar la información con el máximo nivel de detalle y permitir relacionarla con otros vocabularios controlados. Suelen ser internacionales y pueden representar conceptos de varios dominios. Su uso aconsejado es el de vocabularios de referencia, aunque hay algunas, como SNOMED CT, que tiene una estructura idónea para ser utilitzadas también como vocbaularios de interfaz y salida.

Como ejemplos de terminologías se enuentra SNOMED CT (que contiene distintos dominios del ámbito asistencial), LOINC (que en el SISCAT principalmente se utiliza para laboratorio) y MedDRA (para farmacología y medicina).