Este nivel de interoperabilidad tiene por objetivo definir la estructura y el formato de la información a intercambiar. De esta manera, la interoperabilidad funcional o sintáctica se refiere a la estructura de la comunicación, y puede entenderse como el equivalente a las reglas de la ortografía y gramática en el lenguaje oral y escrito.

Organismos como NEMA o HL7 proporcionan un marco completo de estándares relacionados con el intercambio, la integración y la recuperación de información electrónica de salud que soporta la práctica y la gestión clínica. Además, iniciativas internacionales como PCHAlliance o IHE tienen la finalidad de promover el uso coordinado de los estándares establecidos, como HL7 V2.x, HL7 CDA R2 o HL7 FHIR de HL7 International o DICOM de NEMA, en un conjunto de especificaciones que forman distintos Marcos Técnicos.

Los entornos de integración son herramientas que facilitan la aplicación de los estándares en los centros asistenciales, ya que permiten gestionar la integración entre los dispositivos médicos y los sistemas de información, así como garantizar la interoperabilidad entre centros que deseen intercambiar información médica.

Ejemplos de entornos de integración son Mirth Connect (de NextGen) o la plataforma Ensemble (de InterSystems).