Este nivel de interoperabilidad tiene por objetivo definir la estructura y el formato de la información a intercambiar. De esta manera, la interoperabilidad funcional o sintáctica se refiere a la estructura de la comunicación, y puede entenderse como el equivalente a las reglas de la ortografía y gramática en el lenguaje oral y escrito.

Organismos como NEMA o HL7 proporcionan un marco completo de estándares relacionados con el intercambio, la integración y la recuperación de información electrónica de salud que soporte la práctica y la gestión clínica. Por otra parte, iniciativas internacionales como PCHAlliance o IHE tienen la finalidad de promover el uso coordinado de los estándares establecidos, como HL7 V2.x, HL7 CDA R2 o HL7 FHIR de HL7 International o DICOM de NEMA, definiéndolos en un conjunto de especificaciones que forman un Marco Técnico.

Existen diferentes herramientas, como los entornos de integración, que permiten la aplicación de los estándares en los entornos sanitarios y facilitar así la integración de dispositivos médicos en los sistemas de información de los centros, así como facilitar la interoperabilidad entre centros que deseen intercambiar información médica.

Algunos de los entornos de integración más populares actualmente són Mirth Connect (de NextGen) o la plataforma Ensemble (de InterSystems).