Este nivel de interoperabilidad tiene por objetivo garantizar que la información se intercambia sin que se pierda su significado. Los estándares utilizados en este nivel son vocabularios controlados que permiten normalizar los contenidos que se intercambian en base a un modelo conceptual concreto, y utilizando un sistema de codificación.

La principal diferenciación del lenguaje que se realiza cuando se está trabajando la interoperabilidad semántica es la que distingue entre lenguaje natural y vocabulario controlado. A su vez, este último tipo puede clasificarse según su utilización en los sistemas de información, diferenciando entre el vocabulario de interfaz (o de entrada), el de referencia y el de salida (o agregación). Además, en base a su estructura y contenidos, los vocabularios controlados también se clasifican en tesauros, catálogos, clasificaciones, terminologías y ontologías.

Los vocabularios controlados que gestionamos desde la OFSTI son:

ATC/DDD: Anatomical Therapeutic Chemical, Classification System with Defined Daily Doses.

CIM-9-MC (ICD-9-CM): Clasificación Internacional de Enfermedades, 9ª revisión. Modificación Clínica. (International Classification of Diseases, Ninth Revision. Clinical Modification).

CIM 10 (ICD-10): Clasificación Internacional de Enfermedades, 10ª revisión. (International Classification of Diseases, 10th revision).

CIM-10-MC/SCP (ICD-10-CM/PCS):Clasificación Internacional de Enfermedades, 10 revisión, Modificación clínica/Sistema de codificación de procedimientos. (International Classification of Diseases, 10th revision, Clinical modification/Procedures coding system).

LOINC: Logical Observations Identifiers, Names and Codes.

NANDA: North American Nursing Diagnoses Association codes.

NIC: Nursing Interventions Classification.

NOC: Nursing Outcomes Classification.

Orphanet: Catálogo de enfermedades raras.

SEMNIM: Catálogo de procedimientos de la Sociedad Española de Medicina Nuclear e Imagen Molecular (SEMNIM).

SERAM:Catálogo de exploraciones radiológicas diagnósticas y terapéuticas de la Sociedad Española de Radiología Médica (SERAM).

SNOMED CT:Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms.

UCUM:The Unified Code For Units Of Measure.