Es el vocabulario que se utiliza para relacionar otros vocabularios controlados entre sí y poder comparar información. Gracias al uso de vocabularios de referencia, esta comparación puede realizarse aunque los datos estén codificados utilizando diferentes estándares y/o procedan de distintos centros. La aplicación de este tipo de vocabulario es lo que realmente permite alcanzar la interoperabilidad semántica, y puede no ser utilizado directamente por los profesionales asistenciales.

El vocabulario de referencia es el vocabulario controlado que presenta un mayor nivel de detalle y contiene elementos conectados entre sí a través de relaciones de varios tipos (no sólo jerárquicas), por lo que resulta útil utilizarlo en sistemas expertos o de soporte a la toma de decisiones.

En un mismo sistema de información, el vocabulario de interfaz y el de referencia pueden coincidir.