Conforman redes semánticas de conceptos relacionados a través de diferentes tipos de relaciones. Sus elementos tienen varios atributos, incluyendo más de una descripción. Normalmente permiten representar conceptos de un solo dominio y alcanzan un alto nivel de abstracción. Su objetivo es modelar la información a alto nivel para su interpretación automática en los sistemas de información. A menudo los elementos de las ontologías se identifican utilizando conceptos de terminologías. Pueden ser tanto locales como internacionales. Su uso aconsejado es como vocbaulario de referencia.

Ejemplos de ontologías son [http://geneontology.org/|GO] (ontología genética), FMA (para anatomía) y VO (para vacunas).