Las ontologías conforman redes semánticas de conceptos relacionados a través de diferentes tipos de relaciones. Sus elementos tienen varios atributos, incluyendo más de una descripción. Normalmente permiten representar conceptos de un solo dominio y alcanzan un alto nivel de abstracción. Su objetivo es modelar la información a alto nivel para su interpretación automática en los sistemas de información. A menudo los elementos de las ontologías se identifican utilizando conceptos de terminologías. Pueden ser tanto locales como internacionales. Su uso aconsejado es como vocbaulario de referencia.

Ejemplos de ontologías son GO (ontología genética), FMA (para anatomía) y VO (para vacunas).