Debido a la poca implantación de la versión de HL7 V3 (a excepción del estándar HL7 CDA R2), HL7 International decidió crear el estándar FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources). HL7 International descubrió que HL7 V3 era realmente complejo, además que los documentos CDA no eran suficientes. También, surgen nuevos casos de uso, principalmente relacionados con los dispositivos móviles, en los que los estándares actuales no cubrían de la forma más adecuada.

Por otra parte, si bien HL7 Versión 2 es bastante popular en todo el mundo, la tecnología utilizada para el estándar es vieja y no se adaptaba a los nuevos requerimientos del mercado. Por lo tanto, se necesitaba una transición de HL7 V2 a unos estándares basados en como las apps web eran construidas.

Finalmente, el uso de una arquitectura basada en REST es ampliamente utilizado en otros dominios, por ello FHIR hace uso de este protocolo.

Los conceptos iniciales de FHIR son atribuidos a Grahame Grieve, uno de los numerosos voluntarios activos de HL7.